در این مجموعه مشاور تحصیلی نقش مهمی در هدایت و حمایت دانش‌آموزان دارد، به دانش‌آموزان کمک می‌کند تا استعدادها و علایق خود را شناسایی کرده و بهترین مسیر تحصیلی را انتخاب کنند.
یکی از ابزارهایی که در این راه به کار گرفته می‌شود، جلسات مشاوره به صورت فردی با هر دانش‌آموز است تا نیازها و چالش‌های تحصیلی آن‌ها به طور خاص بررسی و راهکارهای مناسب ارائه شود. پیشرفت دانش‌آموزان در آزمون‌ها نیز همواره مورد توجه قرار گرفته و درصورت مشاهده‌ی پیشرفت، تشویق می‌شوند تا انگیزه‌ی آن‌ها برای ادامه مسیر تقویت شود.
یکی دیگر از ابتکارات مدرسه، ارائه‌ی کارنامه‌ای مختص مدرسه اندیشمند به نام “کارنما” است. این کارنما عملکرد تحصیلی دانش‌آموزان را در سه سطح دانش،فهم و کاربرد و به صورت دقیق‌تر و جامع‌تر از کارنامه‌های معمول نمایش می‌دهد و طی برگزاری جلسات مشاوره و تحلیل کارنماها به والدین و دانش‌آموزان کمک می‌کند تا بهتر در جریان پیشرفت و نقاط قوت و ضعف تحصیلی قرار بگیرند.
در نهایت، مشاور تحصیلی در محیط مدرسه نه تنها به تقویت توانایی‌های علمی، بلکه به پرورش شخصیت و مهارت‌های مدیریتی و اجتماعی دانش‌آموزان کمک می‌کند.
دانش آموزان با توجه به محدود بودن دانش و تجربه در طول آموزش همواره نیازمند یک راهنما می‌باشند. ما با در دست داشتن کارپوشه‌های فردی دانش آموزان متشکل از :
مشخصات فردی
اطلاعات مشاور بالینی
اطلاعات معاون آموزشی
فرم رسیدگی برنامه‌های مطالعاتی
نتایج آزمون‌های سراسری در دوره‌های مشخص ، هر دانش‌آموز را مورد بررسی قرار داده و گزارش به دست آمده جهت راهنمایی دانش آموز و ارائه به اولیا در دست مشاور تحصیلی قرار خواهد گرفت.
